Αργότερα κατά το μεγαλύτερο διάστημα της Γερμανικής κατοχής το καταφύγιο είχε καταληφθεί από τους Γερμανούς, οι οποίοι δεν επέτρεπαν στα μέλη του Ορειβατικού να πλησιάσουν. Οι Γερμανοί έκαναν μερικές προσθήκες και επιδιορθώσεις στο κτίριο.
Μετά τον πόλεμο, το 1946, παραχωρήθηκε από την ΟΥΝΡΑ μία ηλεκτρογεννήτρια στο καταφύγιο λύνοντας έτσι το μεγάλο πρόβλημα ηλεκτροφωτισμού του καταφυγίου.
Το 1948, με τις στρατιωτικές επιχειρήσεις στην Πάρνηθα, απαγορεύτηκαν οι αναβάσεις στην Πάρνηθα και ο Ορειβατικός διατάχθηκε να απομακρύνει και τον φύλακα του καταφυγίου.
Μετά το 1949 αρχίζει ο Γολγοθάς για την εξεύρεση χρημάτων για τις μεγάλες επισκευές που χρειαζόταν το καταφύγιο.
Το 1951, το «Εθνικό Ίδρυμα» έρχεται αρωγός στην προσπάθεια του Ε.Ο.Σ. Αθηνών για την επισκευή και αποκατάσταση του κτιρίου το οποίο βρίσκεται σε απελπιστική κατάσταση μετά την αποχώρηση του στρατού. Κατόπιν, το 1952, η εταιρεία «Λαναρά» προμηθεύει το καταφύγιο με κουβέρτες δωρεάν, και το 1953 η εταιρεία «Παπαστράτος» χορηγεί στον Ε.Ο.Σ. Αθηνών το ποσό των δέκα εκατομμυρίων για την επισκευή του καταφυγίου.
Ο (τότε) Διάδοχος Παύλος, δωρίζει όλη την επίπλωση του καταφυγίου από την οποία σώζονται μέχρι σήμερα τα τραπέζια και οι πάγκοι
Αργότερα, το 1959, ο Ελληνικός Οργανισμός Τουρισμού, χορηγεί στον Ε.Ο.Σ. Αθηνών με το, πραγματικά πρωτάκουστο τότε, ποσό των 100.000 δρχ. Τα μέλη συγκινούνται με αυτή τη χειρονομία και μαζεύουν με έρανο άλλες 50.000 δρχ.
Στις 11 Νοεμβρίου το 1964, ο Ε.Ο.Σ. Αθηνών δεξιώθηκε στο καταφύγιο Μπάφι τον Υφυπουργό Γεωργίας κ Μάλλιακα ο οποίος υποσχέθηκε ότι θα συμβάλλει στη δημιουργία ορεινού βοτανικού κήπου στο Μπάφι όπου θα συγκεντρωθούν σπάνια φυτά της Πάρνηθας. Αργότερα, στις 20 Δεκεμβρίου του ιδίου χρόνου, ο Διοικητής της Αγροτικής Τραπέζης, καθηγητή Αδαμάντιος Πεπελάσης, επισκέφθηκε το καταφύγιο Μπάφι και υποσχέθηκε και αυτός ότι θα βοηθήσει θετικά για τη δημιουργία ορεινού βοτανικού κήπου ο οποίος θα αποτελέσει ένα αξιόλογο επιστημονικό επίτευγμα. Κάτι που, προς τιμήν του, έκανε.
Tο 1966, o Ελληνικός Οργανισμός Τουρισμού θα επιχορηγήσει ξανά με 100.000 δρχ., τις εργασίες για το καταφύγιο της Πάρνηθας.
Τα επόμενα χρόνια, το καταφύγιο το φρόντιζε και το διαχειριζότανε ένας φύλακας μέχρι το 1983. Κατόπιν, τη διαχείριση την ανέλαβε ένα μέλος του Ε.Ο.Σ. Αθηνών προσφέροντας ένα μίσθωμα 80.000 δρχ. το χρόνο.
Το 1989, για πρώτη φορά στην ιστορία του Ορειβατικού, διενεργείται διαγωνισμός ο οποίος πετυχαίνει το μίσθωμα των 920.000 δρχ. Από τότε, πραγματικά το καταφύγιο παίρνει νέα όψη. Είναι καθαρό, γίνονται πολλές μικροεπιδιορθώσεις και συντηρήσεις και γενικά ευπρεπίζεται σημαντικά.
Η μίσθωση του καταφυγίου συνεχίζεται μέχρι το 1996. Από τότε ο Ε.Ο.Σ. Αθηνών αναλαμβάνει την αυτεπιστασία του καταφυγίου.
